Mechanizm kinetyczny reakcji w stanie stacjonarnym katalizowanej przez dehydrogenazę oktopinową [N2-(1-karboksyetylo)-L-arginina:NAD+ oksydoreduktaza] badano przy pH 6,9 i 9,2 w badaniach hamowania substratu, hamowania analogu i hamowania produktu . W kierunku syntezy oktopiny wzory inhibicji w obecności deltaguanidowalerianu i propionianu pokazują, że NADH wiąże się najpierw z enzymem, a następnie z L-argininą i pirogronianem, które wiążą się losowo.

W kierunku utleniania oktopiny wzorce substratów pokazują, że NAD wiąże się z enzymem przed oktopiną w szybki sposób w stanie równowagi, a wzorce inhibicji produktu pokazują, że produkty L-arginina i pirogronian są uwalniane w sposób losowy. Wykazano, że podwójne, synergistyczne hamowanie substratu przez L-argininę i pirogronian jest spowodowane wiązaniem (hipotetycznie iminy) z wolnym enzymem i kompleksem enzym-NAD. Ponadto wykazano alternatywny szlak o mniejszym znaczeniu, który obejmuje kompleks enzym-NADH-oktopina i kompleks enzym-oktopina

Dehydrogenaza oktopinowa (OcDH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka olbrzymiego, Pecten maximus, katalizuje zależną od NADH, redukcyjną kondensację L-argininy i pirogronianu do oktopiny, NAD(+) i wody podczas pływania ucieczkowego i/lub późniejszej regeneracji.

• Niedawno rozwiązano strukturę OcDH i zaproponowano mechanizm reakcji, który implikował uporządkowane wiązanie NADH, L-argininy i wreszcie pirogronianu. W tym przypadku kolejność wiązania substratu, a także leżące u podstaw zmiany konformacyjne zostały zbadane za pomocą NMR, potwierdzając model wyprowadzony ze struktur krystalicznych. Ponadto określono strukturę krystaliczną kompleksu OcDH/NADH/agmatyna, co sugeruje kluczową rolę łańcucha bocznego L-argininy w katalizie białek.
• W ten sposób można teraz szczegółowo opisać kolejność wiązania substratu z OcDH, a także sygnały molekularne zaangażowane w tworzenie oktopiny.
• Dehydrogenaza oktopinowa [N(2)-(D-1-karboksyetylo)-L-arginina:NAD(+) oksydoreduktaza] (OcDH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka wielkiego Pecten maximus katalizuje redukcyjną kondensację l-argininy i pirogronianu do oktopina podczas pływania ucieczkowego.
• Enzym ten, będący prototypem dehydrogenaz opinowych (OpDH), utlenia NADH pochodzący z glikolizy do NAD(+), podtrzymując w ten sposób beztlenowe dostarczanie ATP podczas krótkich okresów wzmożonej aktywności mięśni. W przeciwieństwie do niektórych innych OpDH, OcDH wykorzystuje tylko l-argininę jako substrat aminokwasowy.
• W tym miejscu opisujemy struktury krystaliczne OcDH w kompleksie z NADH i kompleksami binarnymi NADH/l-arginina i NADH/pirogronian, dostarczając szczegółowych informacji na temat zasad rozpoznawania substratu, wiązania ligandów i mechanizmu reakcji.
• OcDH wiąże swoje substraty poprzez połączenie sił elektrostatycznych i doboru wielkości, co gwarantuje, że kataliza OcDH przebiega z selektywnością substratową i stereoselektywnością, dając początek drugiemu centrum chiralnemu i wykorzystując mechanizm „linii molekularnej”.

cDNA dla dehydrogenazy oktopinowej (ODH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka olbrzymiego, Pecten maximus, sklonowano przy użyciu 5′- i 3′-RACE. cDNA zawiera ORF o długości 1197 nukleotydów, a wydedukowana sekwencja aminokwasowa koduje białko o długości 399 aminokwasów.

ODH ulegał heterologicznej ekspresji w Escherichia coli z C-końcowym penta-tagiem His. ODH-5His oczyszczono do jednorodności stosując chromatografię powinowactwa z chelatem metalu i filtrację żelową Sephadex G-100. Rekombinowany ODH miał właściwości kinetyczne podobne do ODH typu dzikiego wyizolowanego z mięśnia przywodziciela przegrzebka. Do wyjaśnienia udziału kilku reszt aminokwasowych w reakcji katalizowanej przez ODH zastosowano ukierunkowaną mutagenezę. Cys148, która jest konserwowana we wszystkich znanych do tej pory dehydrogenazach opinowych, została przekształcona w serynę lub alaninę, co pokazuje, że ta pozostałość nie jest z natury istotna dla katalizy.

His212, Arg324 i Asp329, które są również konserwowane we wszystkich znanych sekwencjach dehydrogenazy opinowej, poddano ukierunkowanej mutagenezie. Modyfikacja tych reszt ujawniła ich znaczenie dla aktywności katalitycznej enzymu. Konwersja każdej z tych reszt do alaniny spowodowała silny wzrost wartości K(m) i spadek wartości k(cat) dla pirogronianu i L-argininy, ale miała niewielki wpływ na wartości K(m) i k(cat) dla NADH .

Zakładając podobną strukturę ODH w porównaniu z jedyną dostępną strukturą bakteryjnej dehydrogenazy opinowej, te trzy aminokwasy mogą funkcjonować jako triada katalityczna w ODH, podobna do tej występującej w dehydrogenazie mleczanowej lub dehydrogenazie jabłczanowej. Grupa karboksylowa pirogronianu jest następnie stabilizowana przez Arg324. Oprócz orientowania substratu, His212 będzie działał jako katalizator kwasowo-zasadowy, oddając proton grupie karbonylowej pirogronianu. Kwasowość tej histydyny dodatkowo zwiększa bliskość Asp32.

Recombinant Humanp21 Recombinant Protein
92-035	ProSci	0.05 mg	821.4 EUR
Recombinant phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) (Recombinant)
20-abx072018	Abbexa	2230.80 EUR 1095.60 EUR 393.60 EUR	1 mg 300 µg 50 ug
Glyco Recombinant Protein A33 Recombinant Protein
96-361	ProSci	0.05 mg	619.8 EUR
Glyco Recombinant Protein A33 Recombinant Protein
96-364	ProSci	0.05 mg	619.8 EUR
STAG3L1 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030283	ABM	100 ug	Ask for price
STAG3L2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030286	ABM	100 ug	Ask for price
STAG3L3 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030289	ABM	100 ug	Ask for price
STAG3L4 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030292	ABM	100 ug	Ask for price
TAGAP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP030880	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP030883	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP030886	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030889	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030892	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN3 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP030895	ABM	100 ug	Ask for price
CTAG1A Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP038332	ABM	100 ug	Ask for price
CTAG1B Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP038335	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE5 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP038338	ABM	100 ug	Ask for price
TAGAP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP043930	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE1 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP008266	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE5 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP008269	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE6P Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP008272	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGEP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP008275	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN Recombinant Protein (Rat) (Recombinant- Tag)
RP232205	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN2 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)
RP232208	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN3 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)
RP232211	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN3 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)
RP232214	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE3P Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)
RP053400	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE4 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP053403	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE8 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP053409	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE9 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)
RP053412	ABM	100 ug	Ask for price
TAGAP Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)
RP177155	ABM	100 ug	Ask for price
Tagap1 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)
RP177158	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)
RP177161	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN2 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)
RP177164	ABM	100 ug	Ask for price
TAGLN3 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)
RP177167	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)
RP126449	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)
RP126452	ABM	100 ug	Ask for price
CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)
RP126455	ABM	100 ug	Ask for price
Recombinant Batroxobin
7-04504	CHI Scientific	10µg	Ask for price
Recombinant Batroxobin
7-04505	CHI Scientific	50µg	Ask for price
Recombinant Batroxobin
7-04506	CHI Scientific	1mg	Ask for price
Recombinant Hirudin
7-05344	CHI Scientific	2µg	Ask for price
Recombinant Hirudin
7-05345	CHI Scientific	10µg	Ask for price
Recombinant Hirudin
7-05346	CHI Scientific	1mg	Ask for price
Recombinant Streptavidin
7-06553	CHI Scientific	5mg	Ask for price
Recombinant Streptavidin
7-06554	CHI Scientific	20mg	Ask for price
Recombinant Streptavidin
7-06555	CHI Scientific	1gr	Ask for price
Recombinant Hantavirus
7-07429	CHI Scientific	100µg	Ask for price
Recombinant Hantavirus
7-07430	CHI Scientific	500µg	Ask for price
Recombinant Hantavirus
7-07431	CHI Scientific	1000µg	Ask for price
Recombinant Lysostaphin
7-03085	CHI Scientific	1mg	Ask for price
Recombinant Lysostaphin
7-03086	CHI Scientific	5mg	Ask for price
Recombinant Lysostaphin
7-03087	CHI Scientific	10mg	Ask for price
Recombinant Protease
7-03484	CHI Scientific	50IU	Ask for price
Recombinant Protease
7-03485	CHI Scientific	150IU	Ask for price
Recombinant Protease
7-03486	CHI Scientific	1,000IU	Ask for price
Recombinant Staphylokinase
7-03598	CHI Scientific	20µg	Ask for price
Recombinant Staphylokinase
7-03599	CHI Scientific	100µg	Ask for price
Recombinant Staphylokinase
7-03600	CHI Scientific	1mg	Ask for price
Recombinant Streptokinase
7-03601	CHI Scientific	250,000IU	Ask for price
Recombinant Streptokinase
7-03602	CHI Scientific	750,000IU	Ask for price
Recombinant Streptokinase
7-03603	CHI Scientific	1.5MIU	Ask for price
Recombinant Urease
7-03790	CHI Scientific	1mg	Ask for price
Recombinant Urease
7-03791	CHI Scientific	5mg	Ask for price
Recombinant Urease
7-03792	CHI Scientific	50mg	Ask for price
Recombinant LukAB
0510-001	IBT Bioservices	100ug	486 EUR
Ribokinase (Recombinant)
20-abx072011	Abbexa	393.60 EUR 8043.60 EUR 1095.60 EUR	10 ug 1 mg 90 µg
Ribokinase (Recombinant)
20-abx072012	Abbexa	393.60 EUR 7860.00 EUR 1095.60 EUR	10 ug 1 mg 90 µg
Lysostaphin (Recombinant)
20-abx073003	Abbexa	710.40 EUR 276.00 EUR 493.20 EUR	10 mg 1 mg 5 mg
Streptokinase (Recombinant)
abx073012-15MIU	Abbexa	1.5M IU	1395.6 EUR
Streptokinase (Recombinant)
abx073012-250000IU	Abbexa	250.000 IU	526.8 EUR
Streptokinase (Recombinant)
abx073012-750000IU	Abbexa	750.000 IU	861.6 EUR
NAT6 (Recombinant)
20-abx073034	Abbexa	727.20 EUR 460.80 EUR 560.40 EUR	10 ug 2 µg 5 ug
HTRA2 (Recombinant)
20-abx073047	Abbexa	276.00 EUR 2798.40 EUR 393.60 EUR	10 ug 1 mg 50 ug
GALE (Recombinant)
20-abx073137	Abbexa	3433.20 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 25 ug 5 ug
AASDHPPT (Recombinant)
20-abx073160	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
ADSL (Recombinant)
20-abx073250	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
Cystathionase (Recombinant)
20-abx073257	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
ACOT7 (Recombinant)
20-abx073258	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
ACAA1 (Recombinant)
20-abx073272	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
Transaldolase (Recombinant)
20-abx073275	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 25 ug 5 ug
Gankyrin (Recombinant)
20-abx073293	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 25 ug 5 ug
Catalase (Recombinant)
20-abx073353	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
ADPRH (Recombinant)
20-abx073354	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
Carboxymethylenebutenolidase (Recombinant)
20-abx073357	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
PAFAH1B3 (Recombinant)
20-abx073360	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
Renalase (Recombinant)
20-abx073367	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
SMUG1 (Recombinant)
20-abx073377	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
MPST (Recombinant)
20-abx073378	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
TDP1 (Recombinant)
20-abx073385	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
MMP10 (Recombinant)
20-abx073421	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 25 ug 5 ug
MMP1 (Recombinant)
20-abx073422	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
ADAL (Recombinant)
20-abx073435	Abbexa	4101.60 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
Klotho (Recombinant)
20-abx073512	Abbexa	4519.20 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	0.5 mg 20 ug 5 ug
Protease (Recombinant)
abx073528-1000IU	Abbexa	1.000 IU	777.6 EUR
Protease (Recombinant)
abx073528-150IU	Abbexa	150 IU	393.6 EUR
Protease (Recombinant)
abx073528-50IU	Abbexa	50 IU	276 EUR
Latexin (Recombinant)
20-abx073558	Abbexa	5388.00 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
Aspartoacylase (Recombinant)
20-abx073571	Abbexa	5388.00 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug
NDUFAF1 (Recombinant)
20-abx073578	Abbexa	5388.00 EUR 393.60 EUR 276.00 EUR	1 mg 20 ug 5 ug

Stereospecyficzność dehydrogenazy oktopinowej z guza żółciowego korony i dehydrogenazy oktopinowej z przegrzebków (maksimum Pectena) w odniesieniu do utleniania C-4 pierścienia dihydronikotynamidowego NADH badano poprzez określenie rozkładu radioaktywności po utlenieniu (4R)- i (4S)-[4-3H]NADH. Dehydrogenaza oktopinowa z guza koronowego i przegrzebków stereospecyficznie usuwa atom wodoru pro-S pierścienia dihydronikotynamidu z przeniesieniem znacznika do rozpuszczalnika i do produktu oktopiny (N-2-(1-karboksyetylo)-L-arginina). Chociaż w mniejszym stopniu, wymiana znacznika z (4S)-[4-3H]NADH z rozpuszczalnikiem wystąpiła, gdy dehydrogenaza oktopinowa z guza żółciowego korony lub z przegrzebków była inkubowana bez innych substratów. Omówiono możliwe mechanizmy wyjaśniające tę wymianę.