Dehydrogenaza oktopinowa z Pecten maximus: mechanizm stanu stacjonarnego.

Mechanizm kinetyczny reakcji w stanie stacjonarnym katalizowanej przez dehydrogenazę oktopinową [N2-(1-karboksyetylo)-L-arginina:NAD+ oksydoreduktaza] badano przy pH 6,9 i 9,2 w badaniach hamowania substratu, hamowania analogu i hamowania produktu . W kierunku syntezy oktopiny wzory inhibicji w obecności deltaguanidowalerianu i propionianu pokazują, że NADH wiąże się najpierw z enzymem, a następnie z L-argininą i pirogronianem, które wiążą się losowo.

W kierunku utleniania oktopiny wzorce substratów pokazują, że NAD wiąże się z enzymem przed oktopiną w szybki sposób w stanie równowagi, a wzorce inhibicji produktu pokazują, że produkty L-arginina i pirogronian są uwalniane w sposób losowy. Wykazano, że podwójne, synergistyczne hamowanie substratu przez L-argininę i pirogronian jest spowodowane wiązaniem (hipotetycznie iminy) z wolnym enzymem i kompleksem enzym-NAD. Ponadto wykazano alternatywny szlak o mniejszym znaczeniu, który obejmuje kompleks enzym-NADH-oktopina i kompleks enzym-oktopina

Dehydrogenaza oktopinowa (OcDH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka olbrzymiego, Pecten maximus, katalizuje zależną od NADH, redukcyjną kondensację L-argininy i pirogronianu do oktopiny, NAD(+) i wody podczas pływania ucieczkowego i/lub późniejszej regeneracji.

  • Niedawno rozwiązano strukturę OcDH i zaproponowano mechanizm reakcji, który implikował uporządkowane wiązanie NADH, L-argininy i wreszcie pirogronianu. W tym przypadku kolejność wiązania substratu, a także leżące u podstaw zmiany konformacyjne zostały zbadane za pomocą NMR, potwierdzając model wyprowadzony ze struktur krystalicznych. Ponadto określono strukturę krystaliczną kompleksu OcDH/NADH/agmatyna, co sugeruje kluczową rolę łańcucha bocznego L-argininy w katalizie białek.
  • W ten sposób można teraz szczegółowo opisać kolejność wiązania substratu z OcDH, a także sygnały molekularne zaangażowane w tworzenie oktopiny.
  • Dehydrogenaza oktopinowa [N(2)-(D-1-karboksyetylo)-L-arginina:NAD(+) oksydoreduktaza] (OcDH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka wielkiego Pecten maximus katalizuje redukcyjną kondensację l-argininy i pirogronianu do oktopina podczas pływania ucieczkowego.
  • Enzym ten, będący prototypem dehydrogenaz opinowych (OpDH), utlenia NADH pochodzący z glikolizy do NAD(+), podtrzymując w ten sposób beztlenowe dostarczanie ATP podczas krótkich okresów wzmożonej aktywności mięśni. W przeciwieństwie do niektórych innych OpDH, OcDH wykorzystuje tylko l-argininę jako substrat aminokwasowy.
  • W tym miejscu opisujemy struktury krystaliczne OcDH w kompleksie z NADH i kompleksami binarnymi NADH/l-arginina i NADH/pirogronian, dostarczając szczegółowych informacji na temat zasad rozpoznawania substratu, wiązania ligandów i mechanizmu reakcji.
  • OcDH wiąże swoje substraty poprzez połączenie sił elektrostatycznych i doboru wielkości, co gwarantuje, że kataliza OcDH przebiega z selektywnością substratową i stereoselektywnością, dając początek drugiemu centrum chiralnemu i wykorzystując mechanizm „linii molekularnej”.

cDNA dla dehydrogenazy oktopinowej (ODH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka olbrzymiego, Pecten maximus, sklonowano przy użyciu 5′- i 3′-RACE. cDNA zawiera ORF o długości 1197 nukleotydów, a wydedukowana sekwencja aminokwasowa koduje białko o długości 399 aminokwasów.

ODH ulegał heterologicznej ekspresji w Escherichia coli z C-końcowym penta-tagiem His. ODH-5His oczyszczono do jednorodności stosując chromatografię powinowactwa z chelatem metalu i filtrację żelową Sephadex G-100. Rekombinowany ODH miał właściwości kinetyczne podobne do ODH typu dzikiego wyizolowanego z mięśnia przywodziciela przegrzebka. Do wyjaśnienia udziału kilku reszt aminokwasowych w reakcji katalizowanej przez ODH zastosowano ukierunkowaną mutagenezę. Cys148, która jest konserwowana we wszystkich znanych do tej pory dehydrogenazach opinowych, została przekształcona w serynę lub alaninę, co pokazuje, że ta pozostałość nie jest z natury istotna dla katalizy.

His212, Arg324 i Asp329, które są również konserwowane we wszystkich znanych sekwencjach dehydrogenazy opinowej, poddano ukierunkowanej mutagenezie. Modyfikacja tych reszt ujawniła ich znaczenie dla aktywności katalitycznej enzymu. Konwersja każdej z tych reszt do alaniny spowodowała silny wzrost wartości K(m) i spadek wartości k(cat) dla pirogronianu i L-argininy, ale miała niewielki wpływ na wartości K(m) i k(cat) dla NADH .

Zakładając podobną strukturę ODH w porównaniu z jedyną dostępną strukturą bakteryjnej dehydrogenazy opinowej, te trzy aminokwasy mogą funkcjonować jako triada katalityczna w ODH, podobna do tej występującej w dehydrogenazie mleczanowej lub dehydrogenazie jabłczanowej. Grupa karboksylowa pirogronianu jest następnie stabilizowana przez Arg324. Oprócz orientowania substratu, His212 będzie działał jako katalizator kwasowo-zasadowy, oddając proton grupie karbonylowej pirogronianu. Kwasowość tej histydyny dodatkowo zwiększa bliskość Asp32.

Maximum Recovery Diluent (MRD)

MED1376 Scientific Laboratory Supplies EACH 30 EUR

cBSA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5600 AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

cOVA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5605 AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

hOVA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5606 AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

cBSA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5600-10mg AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

hBSA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5601-10mg AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

cOVA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5605-10mg AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

hOVA *Optimized for Maximum Immunization Response*

5606-10mg AAT Bioquest 10 mg 222 EUR

MAX Recombinant Protein (Rat)

RP210977 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Human)

RP018883 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Human)

RP018886 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Human)

RP018889 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Human)

RP018892 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Human)

RP018895 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Mouse)

RP149615 ABM 100 ug Ask for price

MAX Recombinant Protein (Mouse)

RP149618 ABM 100 ug Ask for price

Oct-1 recombinant monoclonal antibody

A5840 Bimake 100ul X 3 714 EUR

PECAM1 Recombinant Protein

96-093 ProSci 0.1 mg 588.3 EUR

PECAM1 Recombinant Protein

96-095 ProSci 0.2 mg 714.3 EUR

PECR Recombinant Protein (Rat)

RP220010 ABM 100 ug Ask for price

PECAM-1 Recombinant Protein

40-528-001mg ProSci 0.01 mg 311.1 EUR

PECAM-1 Recombinant Protein

40-528-005mg ProSci 0.05 mg 437.1 EUR

PECAM1 Recombinant Protein (Rat)

RP220007 ABM 100 ug Ask for price

PECR Recombinant Protein (Mouse)

RP161288 ABM 100 ug Ask for price

PECI Recombinant Protein (Human)

RP023047 ABM 100 ug Ask for price

PECI Recombinant Protein (Human)

RP023050 ABM 100 ug Ask for price

PECR Recombinant Protein (Human)

RP023053 ABM 100 ug Ask for price

PECAM1 Recombinant Protein (Mouse)

RP161282 ABM 100 ug Ask for price

PECAM1 Recombinant Protein (Mouse)

RP161285 ABM 100 ug Ask for price

PECAM1 Recombinant Protein (Human)

RP082794 ABM 100 ug Ask for price

Recombinant Candida Albicans OCT1 Protein (aa 1-783)

VAng-Lsx05781-inquire Creative Biolabs inquire Ask for price

Recombinant Octamer Binding Transcription Factor 1 (OCT1)

4-RPB553Hu01 Cloud-Clone
  • 593.09 EUR
  • 282.00 EUR
  • 1894.08 EUR
  • 711.36 EUR
  • 1302.72 EUR
  • 472.80 EUR
  • 4555.20 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Octamer Binding Transcription Factor 1 (OCT1)

4-RPB553Mu01 Cloud-Clone
  • 603.84 EUR
  • 285.60 EUR
  • 1934.40 EUR
  • 724.80 EUR
  • 1329.60 EUR
  • 480.00 EUR
  • 4656.00 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Octamer Binding Transcription Factor 2 (OCT2)

4-RPB554Hu01 Cloud-Clone
  • 593.09 EUR
  • 282.00 EUR
  • 1894.08 EUR
  • 711.36 EUR
  • 1302.72 EUR
  • 472.80 EUR
  • 4555.20 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Octamer Binding Transcription Factor 2 (OCT2)

4-RPB554Ra01 Cloud-Clone
  • 603.84 EUR
  • 285.60 EUR
  • 1934.40 EUR
  • 724.80 EUR
  • 1329.60 EUR
  • 480.00 EUR
  • 4656.00 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Octamer Binding Transcription Factor 4 (OCT4)

4-RPA424Mu01 Cloud-Clone
  • 588.79 EUR
  • 280.80 EUR
  • 1877.95 EUR
  • 705.98 EUR
  • 1291.97 EUR
  • 469.20 EUR
  • 4514.88 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Octamer Binding Transcription Factor 4 (OCT4)

4-RPA424Hu01 Cloud-Clone
  • 593.09 EUR
  • 282.00 EUR
  • 1894.08 EUR
  • 711.36 EUR
  • 1302.72 EUR
  • 472.80 EUR
  • 4555.20 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Genorise® Recombinant Mouse POU5f1 (Oct-4) protein

GR124037 Genorise Scientific 5 µg 285 EUR

Genorise® Recombinant human POU5f1 (Oct-4) protein

GR119037 Genorise Scientific 5 µg 285 EUR

Recombinant Human PECAM-1 Protein

PROTP16284-1 BosterBio 50ug 380.4 EUR

Recombinant MYC Associated Factor X (MAX)

4-RPH676Hu01 Cloud-Clone
  • 603.84 EUR
  • 285.60 EUR
  • 1934.40 EUR
  • 724.80 EUR
  • 1329.60 EUR
  • 480.00 EUR
  • 4656.00 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Genorise® Recombinant monkey POU5f1 (Oct-4) protein

GR175048 Genorise Scientific 5 mg 285 EUR

Recombinant Human CD31/PECAM1 Protein

RP00096 Abclonal 20 μg 219.6 EUR

Recombinant Human MAX Protein, His, E.coli-1mg

QP12653-1mg EnQuireBio 1mg 2774.4 EUR

Recombinant Human MAX Protein, His, E.coli-5ug

QP12653-5ug EnQuireBio 5ug 186 EUR

Recombinant MAX Gene Associated Protein (MgA)

4-RPB229Hu01 Cloud-Clone
  • 522.12 EUR
  • 264.00 EUR
  • 1627.97 EUR
  • 622.66 EUR
  • 1125.31 EUR
  • 424.80 EUR
  • 3889.92 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Human MAX Protein, His, E.coli-25ug

QP12653-25ug EnQuireBio 25ug 241.2 EUR

Human CellExp? PECAM-1, Human Recombinant

7184-10 Biovision each 183.6 EUR

Human CellExp? PECAM-1, Human Recombinant

7184-50 Biovision each 457.2 EUR

Recombinant Ornithine Carbamoyl Transferase (OCT)

4-RPB492Hu01 Cloud-Clone
  • 636.10 EUR
  • 294.00 EUR
  • 2055.36 EUR
  • 765.12 EUR
  • 1410.24 EUR
  • 501.60 EUR
  • 4958.40 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Ornithine Carbamoyl Transferase (OCT)

4-RPB492Mu01 Cloud-Clone
  • 629.64 EUR
  • 292.80 EUR
  • 2031.17 EUR
  • 757.06 EUR
  • 1394.11 EUR
  • 496.80 EUR
  • 4897.92 EUR
  • 100 ug
  • 10ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 500 ug
  • 50ug
  • 5 mg

Recombinant Human PECI Protein, His, E.coli-1mg

QP13003-1mg EnQuireBio 1mg 2774.4 EUR

Recombinant Human PECI Protein, His, E.coli-5ug

QP13003-5ug EnQuireBio 5ug 186 EUR

Recombinant Human PECR Protein, His, E.coli-1mg

QP13004-1mg EnQuireBio 1mg 3308.4 EUR

Recombinant Human PECR Protein, His, E.coli-5ug

QP13004-5ug EnQuireBio 5ug 186 EUR

Recombinant Human OCT Protein, Untagged, E.coli-1mg

QP12920-1mg EnQuireBio 1mg 186 EUR

Recombinant Human OCT Protein, Untagged, E.coli-5mg

QP12920-5mg EnQuireBio 5mg 337.2 EUR

Recombinant Human PECI Protein, His, E.coli-25ug

QP13003-25ug EnQuireBio 25ug 241.2 EUR

Recombinant Human PECR Protein, His, E.coli-20ug

QP13004-20ug EnQuireBio 20ug 241.2 EUR

Recombinant Human OCT Protein, Untagged, E.coli-25mg

QP12920-25mg EnQuireBio 25mg 1154.4 EUR

Recombinant Humanp21 Recombinant Protein

92-035 ProSci 0.05 mg 821.4 EUR

MAX MYC Associated Factor X Human Recombinant Protein

PROTP61244 BosterBio Regular: 25ug 380.4 EUR

Recombinant Human PECAM1 Protein, His, Insect-1mg

QP13002-1mg EnQuireBio 1mg 6301.2 EUR

Recombinant Human PECAM1 Protein, His, Insect-2ug

QP13002-2ug EnQuireBio 2ug 186 EUR

Recombinant Human PECAM1 Protein, His, Insect-10ug

QP13002-10ug EnQuireBio 10ug 241.2 EUR

Recombinant Human Myc-Associated Factor X/MAX (C-6His)

C196-10ug Novoprotein 10ug 187.2 EUR

Recombinant Human Myc-Associated Factor X/MAX (C-6His)

C196-1mg Novoprotein 1mg 2739.6 EUR

Recombinant Human Myc-Associated Factor X/MAX (C-6His)

C196-500ug Novoprotein 500ug 1935.6 EUR

Recombinant Human Myc-Associated Factor X/MAX (C-6His)

C196-50ug Novoprotein 50ug 442.8 EUR

TAGLN Recombinant Protein (Rat) (Recombinant- Tag)

RP232205 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)

RP232208 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)

RP232211 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)

RP232214 ABM 100 ug Ask for price

TAGAP Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP177155 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP177161 ABM 100 ug Ask for price

TAGAP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP043930 ABM 100 ug Ask for price

TAGAP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP030880 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP030883 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP030886 ABM 100 ug Ask for price

MXD3 MAX Dimerization Protein 3 Human Recombinant Protein

PROTQ9BW11 BosterBio Regular: 20ug 380.4 EUR

Tagap1 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)

RP177158 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)

RP177164 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)

RP177167 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE1 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP008266 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP008269 ABM 100 ug Ask for price

CTAGEP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP008275 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP126449 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP126452 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP126455 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE4 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP053403 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE8 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP053409 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE9 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP053412 ABM 100 ug Ask for price

CTAG1A Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP038332 ABM 100 ug Ask for price

CTAG1B Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP038335 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP038338 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030889 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030892 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030895 ABM 100 ug Ask for price

Glyco Recombinant Protein A33 Recombinant Protein

96-361 ProSci 0.05 mg 619.8 EUR

Glyco Recombinant Protein A33 Recombinant Protein

96-364 ProSci 0.05 mg 619.8 EUR

Stereospecyficzność dehydrogenazy oktopinowej z guza żółciowego korony i dehydrogenazy oktopinowej z przegrzebków (maksimum Pectena) w odniesieniu do utleniania C-4 pierścienia dihydronikotynamidowego NADH badano poprzez określenie rozkładu radioaktywności po utlenieniu (4R)- i (4S)-[4-3H]NADH. Dehydrogenaza oktopinowa z guza koronowego i przegrzebków stereospecyficznie usuwa atom wodoru pro-S pierścienia dihydronikotynamidu z przeniesieniem znacznika do rozpuszczalnika i do produktu oktopiny (N-2-(1-karboksyetylo)-L-arginina). Chociaż w mniejszym stopniu, wymiana znacznika z (4S)-[4-3H]NADH z rozpuszczalnikiem wystąpiła, gdy dehydrogenaza oktopinowa z guza żółciowego korony lub z przegrzebków była inkubowana bez innych substratów. Omówiono możliwe mechanizmy wyjaśniające tę wymianę.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany. Wymagane pola są oznaczone *