Dehydrogenaza oktopinowa z Pecten maximus: mechanizm stanu stacjonarnego.

Mechanizm kinetyczny reakcji w stanie stacjonarnym katalizowanej przez dehydrogenazę oktopinową [N2-(1-karboksyetylo)-L-arginina:NAD+ oksydoreduktaza] badano przy pH 6,9 i 9,2 w badaniach hamowania substratu, hamowania analogu i hamowania produktu . W kierunku syntezy oktopiny wzory inhibicji w obecności deltaguanidowalerianu i propionianu pokazują, że NADH wiąże się najpierw z enzymem, a następnie z L-argininą i pirogronianem, które wiążą się losowo.

W kierunku utleniania oktopiny wzorce substratów pokazują, że NAD wiąże się z enzymem przed oktopiną w szybki sposób w stanie równowagi, a wzorce inhibicji produktu pokazują, że produkty L-arginina i pirogronian są uwalniane w sposób losowy. Wykazano, że podwójne, synergistyczne hamowanie substratu przez L-argininę i pirogronian jest spowodowane wiązaniem (hipotetycznie iminy) z wolnym enzymem i kompleksem enzym-NAD. Ponadto wykazano alternatywny szlak o mniejszym znaczeniu, który obejmuje kompleks enzym-NADH-oktopina i kompleks enzym-oktopina

Dehydrogenaza oktopinowa (OcDH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka olbrzymiego, Pecten maximus, katalizuje zależną od NADH, redukcyjną kondensację L-argininy i pirogronianu do oktopiny, NAD(+) i wody podczas pływania ucieczkowego i/lub późniejszej regeneracji.

  • Niedawno rozwiązano strukturę OcDH i zaproponowano mechanizm reakcji, który implikował uporządkowane wiązanie NADH, L-argininy i wreszcie pirogronianu. W tym przypadku kolejność wiązania substratu, a także leżące u podstaw zmiany konformacyjne zostały zbadane za pomocą NMR, potwierdzając model wyprowadzony ze struktur krystalicznych. Ponadto określono strukturę krystaliczną kompleksu OcDH/NADH/agmatyna, co sugeruje kluczową rolę łańcucha bocznego L-argininy w katalizie białek.
  • W ten sposób można teraz szczegółowo opisać kolejność wiązania substratu z OcDH, a także sygnały molekularne zaangażowane w tworzenie oktopiny.
  • Dehydrogenaza oktopinowa [N(2)-(D-1-karboksyetylo)-L-arginina:NAD(+) oksydoreduktaza] (OcDH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka wielkiego Pecten maximus katalizuje redukcyjną kondensację l-argininy i pirogronianu do oktopina podczas pływania ucieczkowego.
  • Enzym ten, będący prototypem dehydrogenaz opinowych (OpDH), utlenia NADH pochodzący z glikolizy do NAD(+), podtrzymując w ten sposób beztlenowe dostarczanie ATP podczas krótkich okresów wzmożonej aktywności mięśni. W przeciwieństwie do niektórych innych OpDH, OcDH wykorzystuje tylko l-argininę jako substrat aminokwasowy.
  • W tym miejscu opisujemy struktury krystaliczne OcDH w kompleksie z NADH i kompleksami binarnymi NADH/l-arginina i NADH/pirogronian, dostarczając szczegółowych informacji na temat zasad rozpoznawania substratu, wiązania ligandów i mechanizmu reakcji.
  • OcDH wiąże swoje substraty poprzez połączenie sił elektrostatycznych i doboru wielkości, co gwarantuje, że kataliza OcDH przebiega z selektywnością substratową i stereoselektywnością, dając początek drugiemu centrum chiralnemu i wykorzystując mechanizm „linii molekularnej”.

cDNA dla dehydrogenazy oktopinowej (ODH) z mięśnia przywodziciela przegrzebka olbrzymiego, Pecten maximus, sklonowano przy użyciu 5′- i 3′-RACE. cDNA zawiera ORF o długości 1197 nukleotydów, a wydedukowana sekwencja aminokwasowa koduje białko o długości 399 aminokwasów.

ODH ulegał heterologicznej ekspresji w Escherichia coli z C-końcowym penta-tagiem His. ODH-5His oczyszczono do jednorodności stosując chromatografię powinowactwa z chelatem metalu i filtrację żelową Sephadex G-100. Rekombinowany ODH miał właściwości kinetyczne podobne do ODH typu dzikiego wyizolowanego z mięśnia przywodziciela przegrzebka. Do wyjaśnienia udziału kilku reszt aminokwasowych w reakcji katalizowanej przez ODH zastosowano ukierunkowaną mutagenezę. Cys148, która jest konserwowana we wszystkich znanych do tej pory dehydrogenazach opinowych, została przekształcona w serynę lub alaninę, co pokazuje, że ta pozostałość nie jest z natury istotna dla katalizy.

His212, Arg324 i Asp329, które są również konserwowane we wszystkich znanych sekwencjach dehydrogenazy opinowej, poddano ukierunkowanej mutagenezie. Modyfikacja tych reszt ujawniła ich znaczenie dla aktywności katalitycznej enzymu. Konwersja każdej z tych reszt do alaniny spowodowała silny wzrost wartości K(m) i spadek wartości k(cat) dla pirogronianu i L-argininy, ale miała niewielki wpływ na wartości K(m) i k(cat) dla NADH .

Zakładając podobną strukturę ODH w porównaniu z jedyną dostępną strukturą bakteryjnej dehydrogenazy opinowej, te trzy aminokwasy mogą funkcjonować jako triada katalityczna w ODH, podobna do tej występującej w dehydrogenazie mleczanowej lub dehydrogenazie jabłczanowej. Grupa karboksylowa pirogronianu jest następnie stabilizowana przez Arg324. Oprócz orientowania substratu, His212 będzie działał jako katalizator kwasowo-zasadowy, oddając proton grupie karbonylowej pirogronianu. Kwasowość tej histydyny dodatkowo zwiększa bliskość Asp32.

Recombinant Humanp21 Recombinant Protein

92-035 ProSci 0.05 mg 684.5 EUR

Recombinant phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) (Recombinant)

20-abx072018 Abbexa
  • 1859.00 EUR
  • 913.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 1 mg
  • 300 µg
  • 50 ug

CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP126449 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP126452 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP126455 ABM 100 ug Ask for price

STAG3L1 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030283 ABM 100 ug Ask for price

STAG3L2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030286 ABM 100 ug Ask for price

STAG3L3 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030289 ABM 100 ug Ask for price

STAG3L4 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030292 ABM 100 ug Ask for price

TAGAP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP030880 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP030883 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP030886 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030889 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030892 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP030895 ABM 100 ug Ask for price

CTAG1A Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP038332 ABM 100 ug Ask for price

CTAG1B Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP038335 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP038338 ABM 100 ug Ask for price

TAGAP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP043930 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE3P Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP053400 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE4 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP053403 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE8 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP053409 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE9 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP053412 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE5 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP008269 ABM 100 ug Ask for price

CTAGEP Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP008275 ABM 100 ug Ask for price

TAGAP Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP177155 ABM 100 ug Ask for price

Tagap1 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)

RP177158 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant- Tag)

RP177161 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)

RP177164 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Mouse) (Recombinant Tag)

RP177167 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE1 Recombinant Protein (Human) (Recombinant- Tag)

RP008266 ABM 100 ug Ask for price

CTAGE6P Recombinant Protein (Human) (Recombinant Tag)

RP008272 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN Recombinant Protein (Rat) (Recombinant- Tag)

RP232205 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN2 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)

RP232208 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)

RP232211 ABM 100 ug Ask for price

TAGLN3 Recombinant Protein (Rat) (Recombinant Tag)

RP232214 ABM 100 ug Ask for price

Glyco Recombinant Protein A33 Recombinant Protein

96-361 ProSci 0.05 mg 516.5 EUR

Glyco Recombinant Protein A33 Recombinant Protein

96-364 ProSci 0.05 mg 516.5 EUR

Neuraminidase, recombinant

NATE-1683 Creative Enzymes 3ku 594 EUR

Uricase, Recombinant

DIA-294 Creative Enzymes 5KU 378 EUR

Recombinant EGFP

STA-201 Cell Biolabs 100 ?g 392 EUR

Recombinant EGFP

STA-201-5 Cell Biolabs 5 x 100 µg 1401 EUR

Recombinant RFP

STA-202 Cell Biolabs 100 ?g 392 EUR

Recombinant RFP

STA-202-5 Cell Biolabs 5 x 100 µg 1401 EUR

Recombinant LukAB

0510-001 IBT Bioservices 100ug 405 EUR

Ribokinase (Recombinant)

20-abx072011 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 6703.00 EUR
  • 913.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 90 µg

Ribokinase (Recombinant)

20-abx072012 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 6550.00 EUR
  • 913.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 90 µg

Lysostaphin (Recombinant)

20-abx073003 Abbexa
  • 592.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 411.00 EUR
  • 10 mg
  • 1 mg
  • 5 mg

Streptokinase (Recombinant)

abx073012-15MIU Abbexa 1.5M IU 1163 EUR

Streptokinase (Recombinant)

abx073012-250000IU Abbexa 250.000 IU 439 EUR

Streptokinase (Recombinant)

abx073012-750000IU Abbexa 750.000 IU 718 EUR

NAT6 (Recombinant)

20-abx073034 Abbexa
  • 606.00 EUR
  • 384.00 EUR
  • 467.00 EUR
  • 10 ug
  • 2 µg
  • 5 ug

HTRA2 (Recombinant)

20-abx073047 Abbexa
  • 230.00 EUR
  • 2332.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 50 ug

GALE (Recombinant)

20-abx073137 Abbexa
  • 2861.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 25 ug
  • 5 ug

AASDHPPT (Recombinant)

20-abx073160 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

ADSL (Recombinant)

20-abx073250 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Cystathionase (Recombinant)

20-abx073257 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

ACOT7 (Recombinant)

20-abx073258 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

ACAA1 (Recombinant)

20-abx073272 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Transaldolase (Recombinant)

20-abx073275 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 25 ug
  • 5 ug

Gankyrin (Recombinant)

20-abx073293 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 25 ug
  • 5 ug

Catalase (Recombinant)

20-abx073353 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

ADPRH (Recombinant)

20-abx073354 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Carboxymethylenebutenolidase (Recombinant)

20-abx073357 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

PAFAH1B3 (Recombinant)

20-abx073360 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Renalase (Recombinant)

20-abx073367 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

SMUG1 (Recombinant)

20-abx073377 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

MPST (Recombinant)

20-abx073378 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

TDP1 (Recombinant)

20-abx073385 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

MMP10 (Recombinant)

20-abx073421 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 25 ug
  • 5 ug

MMP1 (Recombinant)

20-abx073422 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

ADAL (Recombinant)

20-abx073435 Abbexa
  • 3418.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Klotho (Recombinant)

20-abx073512 Abbexa
  • 3766.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 0.5 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Protease (Recombinant)

abx073528-1000IU Abbexa 1.000 IU 648 EUR

Protease (Recombinant)

abx073528-150IU Abbexa 150 IU 328 EUR

Protease (Recombinant)

abx073528-50IU Abbexa 50 IU 230 EUR

Latexin (Recombinant)

20-abx073558 Abbexa
  • 4490.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Aspartoacylase (Recombinant)

20-abx073571 Abbexa
  • 4490.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

NDUFAF1 (Recombinant)

20-abx073578 Abbexa
  • 4490.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

ACY1 (Recombinant)

20-abx073654 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 5924.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

ADAT2 (Recombinant)

20-abx073661 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 5924.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

APEX1 (Recombinant)

20-abx073692 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 6397.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

NDUFAF2 (Recombinant)

20-abx073714 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 6397.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

ACAA2 (Recombinant)

20-abx073818 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 6397.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

ADAT1 (Recombinant)

20-abx073911 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 7873.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 2 µg

Staphylokinase (Recombinant)

20-abx073914 Abbexa
  • 328.00 EUR
  • 1024.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 100 ug
  • 1 mg
  • 20 ug

Urease (Recombinant)

20-abx073924 Abbexa
  • 230.00 EUR
  • 1344.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 1 mg
  • 50 mg
  • 5 mg

TDO2 (Recombinant)

20-abx073952 Abbexa
  • 230.00 EUR
  • 1609.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 1 µg
  • 50 ug
  • 5 ug

NDUFAF4 (Recombinant)

20-abx073976 Abbexa
  • 230.00 EUR
  • 1609.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 1 µg
  • 50 ug
  • 5 ug

YOD1 (Recombinant)

20-abx073982 Abbexa
  • 1609.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 100 ug
  • 10 ug
  • 2 µg

Fibrillarin (Recombinant)

20-abx074008 Abbexa
  • 4490.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1 mg
  • 20 ug
  • 5 ug

Recombinant Streptavidin

7-06553 CHI Scientific 5mg Ask for price

Recombinant Streptavidin

7-06554 CHI Scientific 20mg Ask for price

Recombinant Streptavidin

7-06555 CHI Scientific 1gr Ask for price

Recombinant Hantavirus

7-07429 CHI Scientific 100µg Ask for price

Recombinant Hantavirus

7-07430 CHI Scientific 500µg Ask for price

Recombinant Hantavirus

7-07431 CHI Scientific 1000µg Ask for price

Recombinant Lysostaphin

7-03085 CHI Scientific 1mg Ask for price

Recombinant Lysostaphin

7-03086 CHI Scientific 5mg Ask for price

Recombinant Lysostaphin

7-03087 CHI Scientific 10mg Ask for price

Stereospecyficzność dehydrogenazy oktopinowej z guza żółciowego korony i dehydrogenazy oktopinowej z przegrzebków (maksimum Pectena) w odniesieniu do utleniania C-4 pierścienia dihydronikotynamidowego NADH badano poprzez określenie rozkładu radioaktywności po utlenieniu (4R)- i (4S)-[4-3H]NADH. Dehydrogenaza oktopinowa z guza koronowego i przegrzebków stereospecyficznie usuwa atom wodoru pro-S pierścienia dihydronikotynamidu z przeniesieniem znacznika do rozpuszczalnika i do produktu oktopiny (N-2-(1-karboksyetylo)-L-arginina). Chociaż w mniejszym stopniu, wymiana znacznika z (4S)-[4-3H]NADH z rozpuszczalnikiem wystąpiła, gdy dehydrogenaza oktopinowa z guza żółciowego korony lub z przegrzebków była inkubowana bez innych substratów. Omówiono możliwe mechanizmy wyjaśniające tę wymianę.

Leave a Reply

Your email address will not be published.